Program Harian Al-Husainy Putri :
- 03:30 – 04:00 : Bangun tidur dan persiapan sholat.
- 04:00 – 05:00 : Sholat Tahajud dan Sholat Sunnah, serta pembacaan wirid sebelum subuh (wirid Khulasoh lil Habib Umar bin Hafidz).
- 05:00 – 06:00 : Sholat subuh berjamaah dan pembacaan wirid.
- 06:00 – 06:30 : Halaqah Hadramiyah. (kelas diniyah pagi hari)
- 06:30 – 07:15 : Persiapan sekolah dan sarapan.
- 07:15 – 12:00 : Sekolah formal.
- 12:00 – 13:oo : Sholat dzhuhur berjamaah, pembacaan wirid, dan makan siang.
- 13:oo – 15:00 : Istirahat
- 15:00 – 16:00 : Sholat Asar berjamaah dan pembacaan wirid.
- 16:00 – 16:45 : Madrasah Takhasus (kelas diniyah sore hari).
- 16:45 – 17:15 : Piket (pembersihan lingkungan pesantren).
- 17:15 – 18:00 : Makan Sore, persiapan Sholat magrib dan pembacaan ratib.
- 18:00 – 18:30 : Sholat Magrib berjamaah.
- 18:30 – 19:15 : Halaqoh Hadramiyah. (kelas diniyah malam hari).
- 19:15 – 20:15 : Sholat Isya Berjamaah dan pemabacaan wirid.
- 20:15 – 20:45 : waktu kosong dan persiapan belajar.
- 20:45 – 21:45 : Tahfid Al-Qur’an (bersama Ustad Ishaq bagi santri putri yang mengambil kelas hafalan Al-Qur’an) dan Tahfid lugoh (bersama Ustazah Nadia bagi Santri putri yang mengabil kelas bahasa).
- 21:45 – 22:00 : Absensi santri di setiap kamar.
- 22:00 – 03:30 : Istirahat.
Program Mingguan :
- Pembacaan burdah (dilakukan setiap jum’at di makam Mu’asis Ma’had Hajjah Syarifah Alawiyah).
- Tam’rin Muhadorah (latihan ceramah atau pidato).
- Majlis Nurul Iman (pengajian umum yang diajarakan langsung oleh pengawas KH. Ubaidillah Chalid dan ketua Al-Husainy Putra KH. Ahmad Faisal).
- Qiraatulqur’an. (belajar al-qur’an dengan Qori).
- Pembacaan Maulid (Setiap Malam Jumaat).
- Pembacaan Hadrah Basudan.
Program Bulanan :
- Muhadoroh Akbar (kegiatan ceramah atau pidato para santri putri yang diambil dari yang terbaik disetiap minggunya).
- Ikhtibar Sahri (ujian dilakukan setiap bulan untuk mengevaluasi belajar santri).
- Ahsanulguraf (pemberian penghargaan kepada setiap kamar terbaik).
- Peringatan Isra Mi’raj dan Haul pendiri pondok Hajjah Syarifah Alawiyah.