Program Harian Al-Husainy Putri :
| No. | Waktu | Kegiatan |
| 1. | 04:00 – 04:30 | Qiyamullail |
| 2. | 04:30 – 05:30 | Shalat Subuh + Baca Wirid |
| 3. | 05:30 – 06:30 | Ta’lim Pagi |
| 4. | 06:30 – 07:00 | Piket + Sarapan |
| 5. | 07:00 – 07:30 | Persiapan Sekolah |
| 6. | 07:30 – 12:15 | Sekolah Umum |
| 7. | 12:15 – 13:00 | Shalat Dhuhur + Baca Wirid + Hizb Qur’an |
| 8. | 13:00 – 14:30 | Makan Siang + Istirahat |
| 9. | 14:30 – 16:00 | Shalat Ashar + Baca Wirid |
| 10. | 16:00 – 17:00 | Ta’lim Sore |
| 11. | 17:00 – 17:30 | Piket |
| 12. | 17:30 – 18:00 | Pembacaan Wirid sebelum Magrib |
| 13. | 18:00 – 19:00 | Shalat Magrib + Dzikir |
| 14. | 19:00 – 19:15 | Hifdz Mutun |
| 15. | 19:15 – 20:00 | Ta’lim Malam |
| 16. | 20:00 – 20:30 | Shalat Isya + Baca Wirid |
| 17. | 20:30 – 21:00 | Makan Malam |
| 18. | 21:00 – 21:30 | Murojaah/ Tahfidz |
| 19. | 21:30 – 22:00 | Persiapan tidur |
| 20. | 22:00 – 03:30 | Tidur & Istrirahat |
Program Mingguan :
- Pembacaan burdah (dilakukan setiap jum’at di makam Mu’asis Ma’had Hajjah Syarifah Alawiyah).
- Tam’rin Muhadorah (latihan ceramah atau pidato).
- Majlis Nurul Iman (pengajian umum yang diajarakan langsung oleh pengawas KH. Ubaidillah Chalid dan ketua Al-Husainy Putra KH. Ahmad Faisal).
- Qiraatulqur’an. (belajar al-qur’an dengan Qori).
- Pembacaan Maulid (Setiap Malam Jumaat).
- Pembacaan Hadrah Basudan.
Program Bulanan :
- Muhadoroh Akbar (kegiatan ceramah atau pidato para santri putri yang diambil dari yang terbaik disetiap minggunya).
- Ikhtibar Sahri (ujian dilakukan setiap bulan untuk mengevaluasi belajar santri).
- Ahsanulguraf (pemberian penghargaan kepada setiap kamar terbaik).
- Peringatan Isra Mi’raj dan Haul pendiri pondok Hajjah Syarifah Alawiyah.